.. index:: Template

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Template
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.. toctree::
   :maxdepth: 1

| 　テンプレートです．これから記事を追加する際はこのテンプレートを利用することにする．
| 日付2014年3月19日に作成
| このような大項目の下には，以下で説明する内容の概要を書こう．

ところで普通はコード上で改行しても改行されない．
上記のように改行をさせたい時は，下記のようにするか

一行開けて文章を始める必要がある．が，1行あけると，このように空行が挿入される．

| ラインブロックで改行を維持したいときは，
| 「| 」を前につける．
| 　改行がいじされる．

.. index:: 
    pair: code; python

.. index:: 
    single: scheme; Taro's explicit

説明項目（コードの挿入）
===========================

.. toctree::
   :maxdepth: 1

| 　この項目は具体的な内容を書くことにする．
| ここでは，まずは，コードを挿入する方法について書く．
| この項目の上にあるように，「.. index:: code」をつけておくと，indexに分類されるようになる．

| 　以下はpythonのコードを挿入した例である．「.. code-block:: python」に続けてコードを書けばよい．
| ブロックの前後の空行とコード部分はタブあるいは空白をいれるのをわすれないように．


.. code-block:: python
    :linenos:
    :emphasize-lines: 1,2

    #this is a sample code of python
    import this
    print hello
    for i in 1000:
        print i

|   コンソール画面

.. code-block:: python

   >>> print ("Hello, world!")
   Hello, world!

.. index:: 
    pair: fortran; code

| 　以下はfortranコードの挿入

.. code-block:: fortran
    :linenos:
    :emphasize-lines: 3,5
    
    !sample code of fortran
    program main

    implicit none
    integer::    i,j,k

    !-----CPU time
    call CPU_TIME(start_time)
    print    *,i,j,k

    end program main

ソースコードを丸ごともってくるとき

.. literalinclude:: /work_space/read_and_plot.py
   :language: python
   :emphasize-lines: 12,15-18
   :linenos:

::

    File "/Users/kentaro/OneDrive/***/sample_code/***.py", line 7
    print ('Hello, world!")
                          ^
    SyntaxError: EOL while scanning string literal
    囲うだけ



.. note::
   「:lineos:」で番号をつける 
   「:emphasize-lines:」で特定の行だけ強調

.. warning::
    警告しなくちゃ

.. |caution| image:: ./img/himawari.png
             :alt: Warning!

.. index:: 
    pair: figure; table

第二階層：図，表
---------------------------------

.. image:: ./img/himawari.png
   :scale: 100 %
   :alt: alternate text when the image doesn't open
   
.. note::
   シンプルな貼付けはimageで

.. figure:: ./img/himawari.png
   :scale: 70%
   :align: center
   :alt: Alternate text instead of figure

   Fig. 1 一行あけてここに書いたものがキャプションになります。
   
.. note::
   場所は、:align: の後に"left", "center", or "right"
   キャプションや、場所指定をするときはfigureで

.. index:: table

第二階層：表
---------------------------------

+------------------------+------------+----------+----------+
| Header row, column 1   | Header 2   | Header 3 | Header 4 |
| (header rows optional) |            |          |          |
+========================+============+==========+==========+
| body row 1, column 1   | column 2   | column 3 | column 4 |
+------------------------+------------+----------+----------+
| body row 2             | ...        | ...      |          |
+------------------------+------------+----------+----------+

|

.. table:: Table 1 simple table

   =====  ===== ==========
     A    not A     RE
   =====  ===== ==========
   False  True   maru LLLL
   True   False  batu
   =====  ===== ==========

|

.. list-table:: Table 2 Frozen Delights!
   :widths: 15 10 30
   :header-rows: 1

   * - Treat
     - Quantity
     - Description
   * - Albatross
     - 2.99
     - On a stick!
   * - Crunchy Frog
     - 1.49
     - If we took the bones out, it wouldn't be
       crunchy, now would it?
   * - Gannet Ripple
     - 1.99
     - On a stick!


.. index:: emphasis

第一階層（強調など）
============================

.. toctree::
   :maxdepth: 1

.. index:: 強調

第二階層：イタリック，協調，網掛け，文献タイトル，
-----------------------------------------------------------------

| テキストを一部を強調したいとき.
| 斜体イタリック　*イタリック*　でかくときは、スター一つ「*」で挟む。
| スター二つ「**」で挟むと　**強調**　
| 「``」（二つ）で挟むと, ``!網掛け!`` 
| 文献タイトル,〔 :title-reference:`ハミルトン力学系のためのシンプレクティック数値積分法`，吉田春夫 〕
| 書籍， 〔 :title-reference:`ストロガッツ　非線形ダイナミクスとカオス`，Steven H. Strogatz，田中久陽ら訳（丸善出版，2015） 〕
| 周囲の文字とスペースなどで区切るのを忘れずに。　

.. index:: 特殊文字

第二階層：特殊文字
-----------------------
下付き＆上付き　H\ :sub:`2`\ O　，　E = mc\ :sup:`2` \

良く使う文字列であれば登録しておくこともできる．
「.. |H2O| replace:: H\ :sub:`2`\ O」

.. |H2O| replace:: H\ :sub:`2`\ O

|H2O|

.. index:: numbered_list

第二階層：リスト
-----------------

番号付きのリストをつくる

1. hey
2. jue
3. jack
#. auto numbering
#. auto numbering2

番号なし

+ いち
+ にい
+ さん
+ しー

.. index:: Link

第一階層：リンクをはる．
---------------------------------

`>> MDL HP of TUMSAT <http://www2.kaiyodai.ac.jp/~kentaro/>`_ 「｀M＊＊T ＜http://www＊＊＞｀＿」ＵＲＬリンクをはる

`第二階層：表`_: 同一ページ内リンク

:doc:`./research/`　Sphinxドキュメント内別ページへのリンク

:doc:`./particle_sim/01first_step/` Sphinxドキュメント内別ページへのリンク

私はpythonで使った `>> Spyder <./python/04with_editor.html>`_ Sphinxドキュメント内別ページへのリンク

.. note::
   「./」とか「../」とかの階層構造を間違えないように．webにアップしたときに問題が生じる予感がある．


その他
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文章の途中に「空行」を入れたいときは、

 | 
 | 
 
.. note::
   空行は「 | 」空行＋縦棒＋空行
   
-----------

.. note::
   セクションで使える記号を4つ以上並べた行を書くと水平線が引けます。

.. index:: math

数式
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Mathjax は数式を表示するための javascriptを用いたディスプレイエンジンです． この Mathjax を使うことで Tex命令でホームページ上にきれいな数式を表示することができます．

等号等

.. math:: <, \lt\, \leq, \geq, \neq, \approx, \times, \pm, \mp, \in, \mathbb{R}, \mathbb{Z}, \mathbb{N}

.. math:: \frac{df}{dx} = \lim\limits_{\epsilon \to 0} \frac{f(x+\epsilon)-f(x)}{(x+\epsilon)-(x)}

Summation

.. math:: \sum \frac{1}{\omega \Omega} 

.. math:: \sum_{n=1}^\infty \frac{1}{n^2} = \frac{\pi^2}{6}

integral

.. math:: \int_a^b f(x)~dx

defferencial

.. math:: \frac{dy}{dx}, \frac{\Delta y}{\Delta x}

.. math:: W \approx \sum{f(x_k) \Delta x}

.. math:: \dfrac{-b \pm \sqrt{b^2 - 4ac}}{2a}

limit

.. math:: \lim\limits_{x \to \infty} f(x)

.. math:: H=-\dfrac{\hbar ^{2}}{\,2m\,} \dfrac{d^2}{dx^2}+V(x)

運動方程式

.. math:: 
    m\frac{d^2 x}{dt^2} &= 0 \\
    m\frac{d^2 y}{dt^2} &= -mg

ベクトルつき運動方程式

.. math:: 
    \frac{d^2 \boldsymbol{x}_i}{dt^2} = \sum_{j \neq i}Gm_j\frac{\boldsymbol{x}_j- \boldsymbol{x}_i}{|\boldsymbol{x}_j-\boldsymbol{x}_i|^3}

単位は立体で書こう． :math:`G = 6.67259 \times 10^{-11} \mathrm{m^3 s^{-2} kg^{-1}}` ， :math:`m_s = 1.989 \times 10^{30} \mathrm{kg}` 

.. math::
   :nowrap:

   \begin{eqnarray}
      y    & = & ax^2 + bx + c \\
      f(x) & = & x^2 + 2xy + y^2 + D
   \end{eqnarray}


.. math::
   (a + b)^2 = a^2 + 2ab + b^2

   (a - b)^2 = a^2 - 2ab + b^2


.. math::

   (a + b)^2  &=  (a + b)(a + b) \\
              &=  a^2 + 2ab + b^2

.. math:: f(x) & = & x^2 + 2xy + y^2

縦ベクトル

.. math::  \binom{n+1}{2k} 

デカい括弧

.. math::
    \frac{d^2x}{dt^2}  = \frac{d}{dt}\left( \frac{a}{T}\frac{dx^*}{dt^*}\right)

.. math:: \frac{1}{\Bigl(\sqrt{\phi \sqrt{5}}-\phi\Bigr) e^{\frac25 \pi}} = 1+\frac{e^{-2\pi}} {1+\frac{e^{-4\pi}} {1+\frac{e^{-6\pi}} {1+\frac{e^{-8\pi}} {1+\ldots} } } }

式番号（ラベル）をつけるとき

.. math:: e^{i\pi} + 1 = 0
   :label: euler

Euler's identity, equation :eq:`euler`, was elected one of the most
beautiful mathematical formulas.

.. math:: \sin{x} = x
    :label: sinusoidal
    
sin function , :eq:`sinusoidal` is also important だよ。

.. math:: \arctan{x}=0.0

.. math:: E &= [y_1-(ax_1+b)]^2 + [y_2-(ax_2+b)]^2 + ...... + [y_n-(ax_n+b)]^2  \\
            &= \sum_{i=1}^n [y_i-(ax_i+b)]^2

.. math:: \frac{\partial E}{\partial a} = 0, \frac{\partial E}{\partial b} = 0

.. math:: \frac{\partial E}{\partial a} &= 2[y_1-(ax_1+b)](-x_1) + 2[y_2-(ax_2+b)](-x_2) + ...... + 2[y_n-(ax_n+b)](-x_n)  \\
                                        &= -\sum_{i=1}^n 2(y_i-ax_i-b)x_i = 0
.. math:: \frac{\partial E}{\partial b} &= 2[y_1-(ax_1+b)](-1) + 2[y_2-(ax_2+b)](-1) + ...... + 2[y_n-(ax_n+b)](-1)  \\
                                        &= -\sum_{i=1}^n 2(y_i-ax_i-b) = 0

数式中に立体文字をいれる場合は，次のＡはローマフォント，Bはボルドフォント

.. math:: f(x) & = & \mathrm{A} ^2 + 2xy + \mathbf{B} ^2

ギリシャ文字

.. math:: \pi , \epsilon, \phi \Phi, \theta \Theta, \delta, \gamma, \alpha, \beta, \gamma, \delta, \mu, \nabla _i

矢印や時間微分などを上につけるとき

.. math:: \frac d{dx}x\dot x =  \dot x^2 +  x\ddot x
.. math:: \hat x , \widehat{xy}, \bar x , \overline{xyz}, \vec x, \overrightarrow{xy}

文章中に数式を埋め込む時は。。。「:math:`\sin{x} = x`」